Berdasarkan Peraturan Rektor UGM No.50/P/SK/HT/2011 tentang penyelenggaraan Program Pascasarjana (S2 dan S3), pengelolaan Program Doktor Program Studi Arsitektur di bawah koordinasi program pascasarjana pada tingkat fakultas. Kegiatan Program Studi secara struktural berada langsung di bawah koordinasi Dekan Fakultas Teknik UGM sebagai penanggung jawab, Ketua Departemen Teknik Arsitektur dan Perencanaan sebagai wakil penanggung jawab dan Ketua Program Pascasarjana sebagai penanggung jawab/koodinator program di tingkat fakultas. Beberapa kegiatan administratif dilakukan oleh PPS FT UGM seperti penerimaan dan registrasi mahasiswa baru, yudisium dan wisuda mahasiswa, ujian tertutup mahasiswa, pemberlakuan SOP, serta urusan administrasi keuangan Program Studi terutama RKAT (Rencana Kegiatan dan Anggaran Tahunan). Program Studi memiliki wewenang penuh pada kegiatan koordinasi dan pengelolaan masalah substansi serta proses pembelajaran secara lebih detail.
Program Doktor Program Studi Arsitektur juga banyak menggunakan sumber daya yang ada di departemen, baik staf akademik, laboratorium, fasilitas, maupun sarana-prasarananya. Hal ini karena secara institusi, keilmuan, dan kelembagaan, Program Doktor Program Studi Arsitektur berada langsung di bawah Departemen Teknik Arsitektur dan Perencanaan (DTAP).
